[OPEN-KO] Microbiome Analysis Guide Book
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  • Microbiome analysis user guide book
  • I. INTRODUCTION
    • 1. Prologue
    • 2. Report & Raw data Download
    • 3. Analysis Report Template
  • II. PROJECT INFORMATION
    • 1. Project Information
  • III. NGS SEQUENCING
    • 1. NGS Statistics
  • IV. TAXONOMY ANALYSIS
    • 1. Taxonomy Summary
    • 2. Krona Chart
  • V. DIVERSITY ANALYSIS
    • 1. α-Diversity
      • Additional Information
    • 2. β-Diversity
    • 3. LEfSe
    • 4. Heatmap
  • Ⅵ. FUNCTIONAL ANALYSIS
    • 1. Functional Profile
      • KEGG page
  • Ⅶ. ADDITIONAL ANALYSIS
    • 1. Phylogenetic tree with Statistics
  • + REFERENCE
    • 1. Reference
    • 2. Database Version
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  • Project Information Page
  • Analysis Information
  • Sequencing Information
  • Workflow Summary
  1. II. PROJECT INFORMATION

1. Project Information

Previous3. Analysis Report TemplateNext1. NGS Statistics

Project Information Page

보고서 파일을 열었을 때 가장 먼저 보이는 페이지로, 고객님의 서비스 요청으로 분석을 진행한 시료 및 그룹 정보, NGS 기반의 염기서열 분석을 진행한 뒤 생성된 데이터 결과, 그리고 Workflow Summary를 확인할 수 있는 페이지입니다.


Analysis Information

분석 의뢰 시료 및 그룹 정보를 확인할 수 있습니다.

  • Sample Type : 분석 시료의 종류

  • Sample Count : 분석 시료의 개수 및 원시 데이터(rawdata) 개수

  • Group Count : 분석 그룹의 개수

  • Group Info : 분석 그룹 및 그룹 내의 시료에 대한 상세 정보(그룹 이름, 그룹 내 시료 개수 및 이름)

  • Note : 분석 프로젝트에 대한 비고 사항


Sequencing Information

분석 시료에 대한 염기서열 분석 기본 정보를 확인할 수 있습니다.

  • Library Kit : 16S rRNA sequencing library preparation library kit

  • Library QC : Qualitative Kit for 16S rRNA sequencing(e.g. dsDNA 910 Reagent Kit, 35bp - 1,500bp (AATI))

  • Read Length : NGS run format(e.g. 300 Paired End)

  • Additional Info :


Workflow Summary

마이크로바이옴 분석은 NGS 기반으로 생성된 데이터를 이용하여 제공합니다. Project Information page 내 Sequencing Information에 작성되어 있는 내용을 바탕으로 생성된 원시 데이터를 이용하여 데이터 정제(Demultiplexing, Chimera filtering 등), Feature Clustering 등 기본적인 분석을 수행하고, 시료 및 그룹 별 미생물 균총의 분포도를 분석하기 위해 추가 분석들을 수행합니다.

Demultiplexing & Quality Filtering

  • 분석을 수행하기 위한 데이터 정제 과정(Data filtering)

Feature Clustering & Taxonomy Assignment

  • 다양한 공공 데이터베이스를 정제한 쓰리빅스 고유의 데이터베이스를 기반으로 데이터 내 미생물 균총 파악

Diversity Analysis

  • 그룹 간의 미생물 균총의 분포도를 비교 분석

  • 시료 별 미생물 균총의 분포도 유사성 확인

Additional Analysis

  • 미생물 분포도에 따른 분자생물학적 기능 예측

  • 논문에서 자주 인용되는 다양한 추가 분석 결과 제공

Platform : 16S rRNA sequencing platform(e.g. )

Illumina Miseq
📄
657KB
16s-metagenomic-library-prep-guide.pdf
pdf
Library preparation guide
2MB
miseq-system-guide.pdf
pdf
Miseq system protocol
Project Information Page
Project Information - Analysis Information
Project Information - Sequencing Information
Project Information - Workflow Summary